<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body>

<div dir="ltr">

<p> </p>

<p>Dear Colleagues,</p>

<p> </p>

<p>my co-authors and I are pleased to announce that our paper, 

previously online at BioRxiv, is now available online on Molecular 

Ecology Resources:</p>

<p> </p>

<p>

<strong>High-quality whole-genome sequence of an abundant Holarctic 

odontocete, the harbour porpoise <em>(Phocoena phocoena)</em>

</strong>

</p>

<p>Marijke Autenrieth, Stefanie Hartmann, Ljerka Lah, Anna Roos, Alice 

Dennis, Ralph Tiedemann</p>

<p>doi: <a href="https://doi.org/10.1111/1755-0998.12932">https://doi.org/10.1111/1755-0998.12932</a>

</p>

<p> </p>

<p>

<em>This Whole Genome Shotgun project has been deposited at 

DDBJ/ENA/GenBank under the accession PKGA00000000. The version 

described in this paper is version PKGA01000000. The draft annotation 

is deposited to Dryad (doi:10.5061/dryad.vr021gq).</em>

</p>

<p> </p>

<p>

<strong>Abstract</strong>:</p>

<p> </p>

<p>The harbour porpoise (<em>Phocoena phocoena)</em> is a highly mobile cetacean found across the Northern hemisphere. It 

occurs in coastal waters and inhabits basins that vary broadly in 

salinity, temperature and food availability. These diverse habitats 

could drive subtle differentiation among populations, but examination 

of this would be best conducted with a robust reference genome. Here, 

we report the first harbour porpoise genome, assembled de novo from an 

individual originating in the Kattegat Sea (Sweden). The genome is one 

of the most complete cetacean genomes currently available, with a 

total size of 2.39 Gb and 50% of the total length found in just 34 

scaffolds. Using 122 of the longest scaffolds, we were able to show 

high levels of synteny with the genome of the domestic cattle (<em>Bos taurus</em>). Our draft annotation comprises 22,154 predicted genes, which we 

further annotated through matches to the NCBI nucleotide database, GO 

categorization and motif prediction. Within the predicted genes, we 

have confirmed the presence of >20 genes or gene families that have 

been associated with adaptive evolution in other cetaceans. Overall, 

this genome assembly and draft annotation represent a crucial addition 

to the genomic resources currently available for the study of 

porpoises and Phocoenidae evolution, phylogeny and conservation. </p>

<p> </p>

<p> </p>

<p>The paper is available online here: <a href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.12932">https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.12932</a> </p>

<p> </p>

<p> </p>

<p>Kind regards,</p>

<p>Marijke Autenrieth</p>

<p> </p>

<p> </p>

<p> </p>

<p>--</p>

<p>Marijke Autenrieth, M.Sc.</p>

<p>PhD student</p>

<p> </p>

<p>phone: 0049-(0)-331-977-5586</p>

<p>mobile: 0049-176-81308823</p>

<p>email: marauten@uni-potsdam.de</p>

<p>web: <a href="https://mammalsevolve.wordpress.com/">https://mammalsevolve.wordpress.com/</a> </p>

<p> </p>

<p>Universit├Ąt Potsdam</p>

<p>Evolutionsbiologie</p>

<p>Karl-Liebknecht-Str. 24-25</p>

<p>14476 Golm</p>

</div>

</body>

</html>